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Dans le collège Teikô, le club de Basketball était connu pour être l'un des meilleurs du pays. Au sein de l'établissement, cinq génies du sport étaient connus sous le nom de « Génération Miracles ». Toutefois, les cinq membres considéraient un sixième joueur comme un élément tout aussi prodigieux qu'ils ne l'étaient : le joueur fantôme. À la fin de leur scolarité dans le collège de Teikô, les cinq prodiges se dispersèrent dans des lycées de renommés, désirant chacun mener leur équipe au sommet.

C'est ainsi que Tetsuya Kuroko (le joueur fantôme en question), un jeune garçon à l'apparence chétive, ayant la faculté de diriger ailleurs l'attention des autres pour se rendre invisible, intègre le modeste lycée de Seirin, fraîchement construit et avide de dénicher de nouveaux talents pour ses divers clubs de sport.

À son arrivée au lycée, la Coach de l'équipe de Basket, Riko Aida prend les inscriptions des premières années. C'est ainsi que Kuroko est devancé à son inscription par l'imposant Taïga Kagami venant tout droit des États-Unis, et désireux de pratiquer le Basketball au Japon, bien qu'ayant une très mauvaise impression de ce dernier.

Rapidement, les nouveaux arrivés dans le club de Basketball sont testés dans un match face à l'équipe du lycée. Kuroko fait alors démonstration de son immense talent de passeur alors que Kagami étale son talent inné et destructeur. Bien que tout les différencie, les deux joueurs finissent par sympathiser et deviennent une paire terriblement efficace.

Kagami se promet de devenir le meilleur joueur du pays en surpassant les cinq membres de la Génération des Miracles, alors que Kuroko décide de devenir l'ombre de Kagami en l'aidant à réaliser son rêve. Plus tard, les deux amis avouent qu'ils désirent, avant tout, faire de l'équipe de basket-ball de Seirin la meilleure du Japon.