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Un espion russe est retrouvé assassiné au Japon, le seul indice sur les raisons de sa mort se trouve sur une puce informatique qu'il a réussi à cacher de son meurtrier. Fujimaru Takagi, jeune hacker de génie, connu sous pseudonyme Falcon, collabore avec la Third-I, l'agence gouvernementale d'investigation de la sécurité publique, pour décoder les informations présentes sur la puce.

Dans le même temps, son père, Ryûnosuke Takagi, sous-directeur de l'agence, est recherché pour le meurtre de l'agent russe, il est donc condamné à se cacher le temps que son fils découvre l'identité du vrai tueur. Fujimaru déchiffre, avec ses amis, une vidéo intitulée Carnage de Noël où l'on peut voir tout un village se vider de son sang. Le petit génie du hacking et ses amis en déduisent que seul un virus serait capable de faire une telle chose.

Les choses se compliquent encore lorsque la terroriste Maya Orihara, responsable de tout ceci et ayant eu vent que Fujimaru pouvait remettre en cause ses projets, va tenter de se rapprocher du hacker et de ses amis en s'infiltrant dans leur lycée en tant que professeur.