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L’histoire de Saint Seiya - Saintia Shô narre les péripéties des "saintias" (des jeunes femmes chevaliers qui ont juré fidélité et obéissance à Athéna). Les saintias constituent également la garde rapprochée de la divinité de la guerre.
Le scénario est principalement centré sur le personnage de Shô, une jeune adolescente qui a décidé de rejoindre les rangs des saintias pour sauver l'âme de sa sœur Kyôko.

Grâce à l’intervention des chevaliers de bronze, la bataille du Sanctuaire a pris fin.
Le monde est désormais en paix et coule des jours heureux.
Mais cette période de félicité est une nouvelle fois menacée par les affres de la guerre.
En effet, le retour de la comète Répulse est synonyme d’un mauvais présage : la déesse Eris et son armée se préparent à s'opposer à Athéna et ses saintias.
Alertée par ce sombre présage, Saori Kido a prévenu ses troupes.

Depuis le passage de la comète Répulse, Shôko, une adolescente énergique et sportive, fait des rêves étranges où elle est constamment attaquée par une entité démoniaque qui désire s’emparer de son corps.
Ce mystérieux rêve s’achève toujours de la même manière : un chevalier en armure dorée fait son apparition pour terrasser l’ignoble créature du mal.
Bien que ce rêve l’inquiète énormément, Shôko croque chaque jour la vie à pleine dents.

Son quotidien bascule le jour où le campus de son lycée est pris d’assaut par une servante démoniaque de la déesse Eris.
Cette dernière est venue à l’établissement "Météore" dans l’unique but de s’emparer du corps de Shôko, afin d’en faire le réceptacle qui accueillera l’âme de la déesse Eris.
Prise au piège par d’innombrables fleurs, Shôko se résigne donc à disparaitre mais est sauvée in-extremis par sa sœur aînée Kyôko, qui revêt l’armure du petit cheval (Equuleus saintia).
Mais le combat tourne court et Kyôko se sacrifie en devenant le réceptacle de la déesse Eris.

Afin de sauver l’âme de sa sœur et honorer sa mémoire, Shôko décidera alors de rejoindre les rangs de l’armée d’Athéna en devenant la nouvelle "Equuleus saintia".
Une nouvelle guerre ainsi qu’une nouvelle épopée est sur le point de débuter.